L'Eawag fait partie du Domaine des EPF, qui comprend les deux écoles polytechniques fédérales de Zurich et de Lausanne ainsi que les quatre institutions de recherche PSI, Empa, WSL et Eawag. Le siège de l'Eawag se trouve à Dübendorf, Zurich. On y trouve également la bibliothèque commune des institutions de recherche du Domaine des EPF (Lib4RI), le Centre Ecotox et une garderie. L'Eawag gère également le Centre d'écologie, d'évolution et de biogéochimie (CEEB) à Kastanienbaum, non loin de Lucerne et directement au bord du lac des Quatre-Cantons.
Grâce à son infrastructure de recherche, l'Eawag offre un excellent environnement pour la recherche dans le domaine des sciences et technologies aquatiques. Les départements de recherche de l'Eawag se consacrent à trois domaines :
- L'eau pour le bien-être humain, en mettant l'accent sur l'eau potable et les eaux usées
- L'eau pour le fonctionnement des écosystèmes, en mettant l'accent sur la biodiversité, les écosystèmes et les polluants
- Stratégies pour faire des compromis et résoudre des demandes concurrentes
avec un accent sur l'eau et le développement, les intrants pour la prise de décision sociétale et l'énergie
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